年末調整と確定申告の違い｜会社員はどっちが必要？やることを時系列で整理

2026-08-19 更新・約8分で読めます

「年末調整をしたのに、確定申告も必要って言われた」——毎年秋から春にかけて、いちばん混乱しやすいのがこの2つの手続きです。結論からいうと、多くの会社員は年末調整だけで完結します。ただし、医療費控除やふるさと納税など“年末調整では処理できない控除”を使う年だけは、自分で確定申告が必要です。この記事で、自分がどちらのパターンかを5分で判定できるようにします。

年末調整とは：会社が代わりにやってくれる税金の精算

会社員の所得税は、毎月の給与から概算で天引き（源泉徴収）されています。概算なので、1年が終わるタイミングで正確な税額と照らし合わせ、払いすぎていれば戻し、足りなければ追加で徴収する——この精算を会社がまとめて行うのが年末調整です。

時期の目安：11月ごろに会社から申告書類（扶養控除等申告書・保険料控除申告書など）が配られ、12月の給与で精算されます。
対象：その会社から給与を受け取っている人。ただし給与収入が2,000万円を超える人などは対象外で、確定申告が必要です。
生命保険料控除やiDeCoの掛金（小規模企業共済等掛金控除）は、証明書を添えて書類に記入すれば年末調整で処理できます。

10月〜11月に届く「控除証明書」は捨てない

生命保険会社やiDeCo（国民年金基金連合会）から秋に届くハガキ・電子データが控除の証明書です。年末調整の書類と一緒に提出するので、届いたら1か所にまとめておきましょう。

確定申告とは：自分で1年分の所得と税金を申告する手続き

確定申告は、1月1日から12月31日までの所得と税金を自分で計算して税務署に申告する手続きで、期間は原則翌年2月16日から3月15日です。自営業やフリーランスの人は毎年必要ですが、会社員でも「年末調整で処理できない控除を使う年」や「給与以外の所得がある年」には必要になります。

会社員でも確定申告が必要になる主なケース

医療費控除を受ける（年間の医療費が原則10万円を超えたときなど）
ふるさと納税でワンストップ特例を使わない・使えない（寄附先が6自治体以上など）
住宅ローン控除の1年目（2年目以降は年末調整で処理できます）
副業などの給与以外の所得が20万円を超える
2か所以上から給与を受け取っている
給与収入が2,000万円を超える
災害や盗難の損失について雑損控除を受ける

ワンストップ特例を使う人は要注意

ふるさと納税のワンストップ特例は「確定申告をしない」ことが前提の制度です。医療費控除などで確定申告をすると特例は無効になるため、その年の寄附分は確定申告書にまとめて記載し直す必要があります。

年末調整でできること・できないこと

控除・手続き	年末調整	確定申告
生命保険料控除・地震保険料控除	○	○
iDeCoの掛金（小規模企業共済等掛金控除）	○	○
扶養控除・配偶者控除	○	○
住宅ローン控除（2年目以降）	○	○
住宅ローン控除（1年目）	×	○
医療費控除	×	○
寄附金控除（ふるさと納税）	×（ワンストップ特例は別制度）	○
雑損控除	×	○

覚え方はシンプルで、「会社が把握できない出来事は年末調整で処理できない」です。医療費・寄附・災害・家の購入はすべて会社の外で起きることなので、自分で申告する仕組みになっています。

11月から3月までのスケジュール

10〜11月：保険会社やiDeCoから控除証明書が届く。まとめて保管する。
11月ごろ：会社から年末調整の書類が配られる。証明書を添えて提出する。
12月：給与で所得税が精算される（還付または追加徴収）。
翌年1月ごろ：源泉徴収票を受け取る。確定申告する人はここから準備開始。
2月16日〜3月15日：確定申告期間。医療費の明細や寄附の受領証明書を用意して申告する。

還付だけなら3月15日を過ぎても大丈夫

納税ではなく「払いすぎた税金を取り戻すだけ」の申告（還付申告）は、翌年1月1日から5年間いつでも提出できます。確定申告期間に間に合わなくても、あきらめる必要はありません。

迷ったらこう判定する

①給与は1か所だけ、②副業所得は20万円以下、③医療費控除・ふるさと納税（ワンストップ特例でカバーできない分）・住宅ローン控除1年目のどれも使わない——この3つがすべて当てはまるなら、年末調整だけで完結です。ひとつでも外れる項目がある年は、確定申告を予定に入れましょう。

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この記事のTODO

☐秋に届く控除証明書（保険・iDeCo）を1か所にまとめる
☐今年、医療費控除・ふるさと納税・住宅ローン1年目に当てはまるか確認する
☐当てはまる場合は2月16日〜3月15日の確定申告を予定に入れる
☐源泉徴収票を受け取ったら、還付・追加徴収の金額を前年と見比べる

制度の詳細や最新の様式は、国税庁の確定申告特集ページと年末調整がよくわかるページで確認できます。判断に迷う場合は税務署の相談窓口や税理士に相談してください。